消化不良透過現象看本質，抓住發生疾病的根本原因與病變實質，才能在中醫學基本理論指導下，確立合拍的治療原則與方法，正如《素問·陰陽應象大論》所載:“治病必求於本。”這是從必須抓住事物及其過程諸矛盾中的主要矛盾的方法論出發，而提出來的壹個治療原則，消化不良是中醫學辨證論治中的壹個重要治療原則，三清茶有其豐富的內涵，治病要探求病因之本。
消化不良從實驗研究所表明的方劑藥理，也不能忽視各單味中藥的藥理，雖然某些單味藥的藥理作用在方劑中不能體現，或有質的不同，或有量的差異，但畢竟方劑的藥理是其各組成藥的共同作用的結果。